Le rôle du Comité directeur Horizon 2020, présidé par l'UpM (co-présidence entre la Jordanie et l'Union européenne représentée par la Commission européenne) consiste à guider, examiner, suivre et coordonner efficacement les activités favorisant le développement durable en intégrant la dimension environnementale dans d'autres secteurs et à différents niveaux de gouvernance aux quatre coins de la région méditerranéenne. Le Comité directeur est responsable de la mise en œuvre d'H2020. Ses membres, qui y participent sur un pied d'égalité, comprennent : les institutions européennes (CE, BEI, AEE), les points focaux des États membres de l'Union européenne, les points focaux des pays méditerranéens partenaires de l'EPV et d'autres parties prenantes (OIG, IFI, ONG, administrations locales, secteur privé, etc). À ce jour, le Comité directeur s'est réuni à huit occasions : à Marrakech en 2007, Tunis en 2008, Dubrovnik en 2009, Amman en 2011, Barcelone en 2012, Bruxelles en 2013, Barcelone en 2014, Bruxelles en 2016.
Afin de mettre en œuvre et suivre les actions, trois groupes de travail ont été constitués :
- Investissements pour la Réduction et la Prévention de la Pollution (PRPI) - présidé par le Secrétariat de l'UpM et la Banque européenne d'investissement (BEI) ;
- Renforcement des capacités (CB) visant à atteindre les objectifs d'H2020 - présidé par l'UpM (co-présidence entre la Jordanie et l'Union européenne représentée par la Commission européenne) et le PNUE/Programme d'action pour la Méditerranée (PNUE/PAM) ;
- Examen et surveillance (RM) - présidé par l'Agence européenne pour l'environnement (AEE) et le PNUE/PAM.
Une composante Recherche existe également : elle vise à faciliter l'intégration aux autres composantes Horizon 2020 des résultats pertinents issus des projets de recherche et à promouvoir la coopération entre cette partie d'Horizon 2020 (Méditerranée) et la DG Recherche et Innovation du programme de financement Horizon 2020.
